法人の決算を何年も申告していないとき — 出す順番、青色申告と赤字の繰越、加算税と延滞税

いまからでも出せる — 税務署長の決定があるまで

期限内に申告書を出すべきだった会社は、期限を過ぎたあとも、税務署長の決定があるまでは申告書を提出できます(国税通則法18条1項)。この申告書を期限後申告書といいます(国税通則法18条2項)。申告書を出さないままの会社には、税務署長が調査により課税標準と税額を決定します(国税通則法25条)。ただし、決定により納付すべき税額も還付金の額に相当する税額も生じないときは、決定はされません(国税通則法25条)。

税務署長の決定は、法定申告期限から5年を経過した日以後はできません(国税通則法70条1項1号)。偽りその他不正の行為で税額を免れた場合は、7年を経過する日まで決定ができます(国税通則法70条5項1号)。

会社は、事業年度ごとに確定申告書を提出します(法人税法74条1項)。売上が無かった期や赤字だった期も同じです。申告が止まっている期を数え、古い期から全部そろえて出すことをお勧めします。5年を超えて止まっている会社は、どの期から出すかを先に確かめておきましょう。

出す順番 — 古い期から、1期ずつ

法人税の申告書は、確定した決算に基づいて作ります(法人税法74条1項)。何期分あっても、1期ごとに決算書を作り、決算の承認を経てから申告書にする流れです。前の期の残高と繰り越す赤字が次の期の申告書につながるので、古い期から順に作ることをお勧めします。

繰り越された欠損金額が2つ以上の事業年度で生じたものからなる場合は、最も古い事業年度に生じたものから順に損金に算入します(法人税基本通達12-1-1)。

法人税の申告義務がある会社は、都道府県と市町村にも申告書を出します(地方税法53条1項・321条の8第1項)。事務所がある会社の住民税は、均等割額と法人税割額の合計で課されます(地方税法24条1項3号・294条1項3号)。所得が赤字で法人税額が出ない期にも、均等割は残ります。

資本金等の額が1,000万円以下で従業者50人以下の会社なら、均等割の標準税率は道府県分が年2万円、市町村分が年5万円です(地方税法52条1項・312条1項)。ただし、資本金等の額が資本金と資本準備金の合算額(または出資金の額)に満たない会社は、その合算額で区分を見ます(地方税法52条4項・312条6項)。

弊所試算では、この会社が3期分をまとめて出すと、均等割だけで21万円になります。

青色申告と赤字の繰越 — 取消しの理由と対象になる期

確定申告書を提出期限までに出さなかった場合、税務署長は青色申告の承認を取り消すことができます(法人税法127条1項4号)。国税庁の運用では、2事業年度連続して期限内に申告書の提出がない場合に取り消し、2事業年度目以後の事業年度が対象になります。特別な事情があり、今後の適正な記帳と申告が期待できるなど、取り消さないことが相当と認められる場合は、個別に判断されます。

期限後の提出だけが、取消しの理由ではありません。帳簿書類の備付け・記録・保存が財務省令で定めるところに従っていない期があると、その期まで遡って取り消されることがあります(法人税法127条1項1号)。国税庁の運用では、帳簿書類への記載が不十分で、推計によらなければ適正な所得金額を計算できない期があると、その期以後の承認を取り消すとしています。どちらも1期目が対象になり得るので、止まっている期の帳簿と資料をそろえておきましょう。

取消しがあると、その事業年度の開始の日以後に出した青色申告書は、青色申告書以外の申告書とみなされます(法人税法127条1項)。青色申告書を提出しない事業年度に生じた欠損金額は、災害による損失の部分を除いて、繰り越せません(法人税法58条1項)。

一方、欠損金の繰越しができるのは、赤字が生じた期に確定申告書を出し、その後も続けて確定申告書を出し、その期の帳簿書類を保存している場合です(法人税法57条10項)。国税庁は、赤字が生じた期に青色申告書である確定申告書を出していれば、その後の申告書が白色でも繰越しの対象になると案内しています。

無申告加算税 — 調査の通知の前なら5%

期限後申告には、納める本税とは別に無申告加算税がかかります(国税通則法66条1項)。割合は、いつ出したかと、納める税額で決まります。

納める税額の部分	調査の通知の前に自分から申告	調査のあとの申告・税務署長の決定
50万円以下の部分	5%	15%
50万円を超え300万円以下の部分	5%	20%
300万円を超える部分	5%	30%

調査の通知のあとでも、決定を予知する前に自分から出したときは、右の列の割合から5%を引いた割合になります(国税通則法66条1項・3項)。

1か月以内の取扱いは、期限後申告書を出した日の前日から5年前の日までに、同じ税目で期限後申告や決定による無申告加算税または重加算税を課されておらず、この取扱いも受けていない場合に限られます(国税通則法施行令27条の2第1項1号)。その期限後申告書で納める税額の全額を、法定納期限までに納めていることも要ります(国税通則法施行令27条の2第1項2号)。何期分かをまとめて出して無申告加算税を課されると、その後5年の間は、同じ税目の期限後申告でこの取扱いを受けられません(国税通則法施行令27条の2第1項1号)。

繰り返しの無申告には、10%の上乗せがあります(国税通則法66条6項2号)。対象は、前年と前々年に始まった事業年度の分についても、無申告加算税(調査の通知の前の申告によるものを除きます)や無申告に対する重加算税を課されたか、課されるべきと認められる場合です。調査の通知の前に自分から出した期限後申告には、この上乗せは適用されません(国税通則法66条6項2号)。何期も止まっている会社ほど、通知の前に出しておきましょう。

延滞税 — 申告書を出した日が納期限

延滞税は、法定納期限の翌日から完納する日までの日数に応じてかかります(国税通則法60条2項)。期限後申告で納める税額の納期限は、その申告書を提出した日です(国税通則法35条2項1号)。国税庁は、延滞税は本税だけにかかり、加算税にはかからないと案内しています。

割合は、納期限までの期間と納期限の翌日から2か月を経過する日までが年7.3%、その後が年14.6%です(国税通則法60条2項)。実際には特例で低くなっていて、国税庁は年ごとの割合を次のように案内しています。

期間	納期限までと、その翌日から2か月を経過する日まで	2か月を経過した日以後
令和4年1月1日から令和7年12月31日まで	年2.4%	年8.7%
令和8年1月1日から令和8年12月31日まで	年2.8%	年9.1%

何年も遅れた期でも、法定納期限の翌日から申告書を出した日までは納期限までの期間に当たり、低い方の割合で計算されます(国税通則法60条2項・35条2項1号)。申告書を出した日から2か月以内に納めれば、全期間が低い方の割合で済むと考えています。申告と納付を同じ月に済ませる段取りを組んでみてください。

税務署から連絡が来る前に — 今日の作業

今日のうちに、最後に出した申告書の控え、止まっている期の通帳、消費税の課税事業者だった期の有無の3つを確かめておきましょう。控えが見つからないときは、会計ソフトと通帳の残高から、最後に申告した期を確かめてみてください。

弊所では、申告していなかった期の期限後申告を、法人は1期15万円(税抜・記帳を含む)でお引き受けしています。消費税の申告が要る期は、弊所では1期3万円が加わります。内容は、このサイトの税務調査の対応のページにあります。これからの期の決算と申告は、このサイトの決算申告だけのご依頼のページを読んでみてください。